விருத்தகிரீஸ்வரர் கோவிலுக்கு 5 தீர்த்தங்கள் உள்ளது. இதில் முதாலாவது மணிமுக்தாறு ஆகும். இது சிவனால் உருவாக்கப்பட்டது. அடுத்ததாக, பிரம்மா பழமலைநாதரை வழிபடுவதற்காக முன் செய்ய வேண்டிய நீராடலுக்கு உருவாக்கிய தீர்த்தமே அக்னி தீர்த்தமாகும். இது கோவிலின் நூற்றுக்கால் மண்டபத்துக்கு கிழக்கு பகுதியில் அமைந்துள்ளது. இந்த தீர்த்தத்தில் நீராடினால் பாவங்கள் எல்லாம் நீங்கும் என்ற நம்பிக்கை மக்களிடையே உள்ளது.
அடுத்ததாக சக்கர தீர்த்தம். இது திருமால் தன் சக்கரத்தால் உருவாக்கியதால் சக்கர தீர்த்தம் என்று அழைக்கப்படுகிறது. கோவிலில் உள்ள நந்தவனத்தில் அமைந்து இருக்கிறது. இதில் திருமாலும், லட்சுமியும் நீராடி பழமலை நாதரை வழிபட்டனர்.
பெரிய நாயகி கோவிலின் முன்பு குபேர தீர்த்தம் அமைந்துள்ளது. குபேரன் உருவாக்கியதால் இது இப்பெயர் பெற்றது. இது தற்போது கிணறு வடிவில் உள்ளது. வன்னியடி பிரகாரத்தின் தென்கிழக்கு பகுதியில் கிணறு வடிவில் நித்தியானந்த கூபம் என்கிற தீர்த்தம் உள்ளது. இது பிரம்மனால் படைக்கப்பட்டது என்று புராணங்கள் கூறுகின்றன. நித்தியானந்தம் என்றால் வீடுபேறு என பொருளாகும். இந்த தீர்த்தம் தான் கோவிலின் எல்லா நிலைகளிலும் பயன்படுத்தப்பட்டு வருகிறது.
