மதுரை மாநகரின் பழமை வாய்ந்த வைணவத் தலங்களில் ஒன்றாக மதனகோபால சுவாமி திருக்கோவில் உள்ளது. மதுரை மேல மாசி வீதி, தெற்கு மாசி வீதி சந்திப்பில் இக்கோவில் அமைந்துள்ளது. இக்கோவில், சுமார் 1000 ஆண்டுகள் பழமை வாய்ந்ததாக கருதப்படுகிறது. இங்கு வந்து வழிபட்டால் சகல தோஷங்களும் விலகும் என்பது நம்பிக்கை.
மதுரையில் சிவபெருமான் மீனாட்சி அம்மனை திருமணம் செய்துவிட்டு, சுந்தரபாண்டிய மன்னனாக ஆட்சி பொறுப்பை ஏற்கும் முன், சிவலிங்கம் ஒன்றை பிரதிஷ்டை செய்து தீவிர சிவபூஜை செய்தார். பூஜை செய்யும்போது, சிவபெருமான் தியானத்தில் ஆழ்ந்தார். இதனால் சிவபெருமான் உடலில் வெப்பம் அதிகமாகி, அது அக்னி ஜூவாலையாக மாறி உலகை பாதித்தது.
இதனால் அச்சம் அடைந்த தேவர்கள், பிரம்மதேவரின் தலைமையில் மகாவிஷ்ணுவிடம் சென்று உலகை காக்கும்படி வேண்டி நின்றனர். சிவபெருமானின் தியானத்தை கலைத்தால் மட்டுமே, அவரது உடலில் ஏற்படும் வெப்பம் குறைந்து உலகை காக்க முடியும் என்பதை மகாவிஷ்ணு அறிந்தார். உடனே, தன் புல்லாங்குழலை எடுத்து இசைக்க ஆரம்பித்தார்.
புல்லாங்குழல் இசையானது சிவபெருமானின் காதில் கேட்டது. அதில் மயங்கிய சிவபெருமான் தியானம் கலைந்து கண் விழித்தார். இதனால் வெப்பம் தணிந்து உலகம் காக்கப்பட்டது. இதையடுத்து மகிழ்ச்சி அடைந்த சிவபெருமான், மகாவிஷ்ணுவிடம் “தாங்கள், மதனகோபாலன் என்ற திருநாமத்துடன் எப்போதும் என் அருகிலேயே இருந்து புல்லாங்குழல் இசைத்து என்னை மகிழ்விக்க வேண்டும்" என்று கேட்டுக்கொண்டார்.
அதன்படியே, மதுரை மேல மாசி வீதியில் இம்மையிலும் நன்மை தருவார் என்ற சிவாலயத்திற்கு அருகில் மதனகோபால சுவாமி வீற்றிருந்து அருள்பாலிக்கிறார். இவர் புல்லாங்குழல் இசைத்துக் கொண்டு சிவபெருமானை மகிழ்வித்தும், நம்மை காத்தும் அருள்கிறார்.
ஒரு முறை ஆண்டாள் திருவரங்கம் செல்லும் முன்பு, பெரியாழ்வாருடன் பல்லக்கில் இங்கு வந்து மதன கோபால சுவாமியை தரிசனம் செய்ததாகவும், அதன் பின்புதான் ஆண்டாள் அரங்கப் பெருமாளின் திருமேனியில் ஐக்கியமானதாகவும் கூறப்படுகிறது.
இக்கோவில் ஐந்து நிலை ராஜகோபுரத்துடன் காணப்படுகிறது. கோவிலில் நுழைந்தவுடன் இடதுபுறத்தில் அரச மரத்தடியில் விநாயகர் உள்ளார். கருவறையில் மூலவர் அஷ்டாங்க விமானத்தின் கீழ், இரண்டு கைகளில் புல்லாங்குழல் வைத்துக்கொண்டு, இடது காலை ஊன்றி, வலது காலை சற்று மாற்றி விஸ்வரூப கண்ணனாக காட்சி அளிக்கிறார். இவரது அருகில் சத்யபாமா, ருக்மணி தேவியர் உள்ளனர்.
கருவறையை கடக்கும் வழியில் ராமபிரான் தனிச் சன்னிதியில் காட்சி தருகிறார். மதுரவல்லி தாயாரும், ஆண்டாளும் தனித்தனி சன்னிதியில் அருள்பாலிக்கிறார்கள். நவநீத கிருஷ்ணர், சேனை முதல்வர், கருடாழ்வார், உடையார், திருமங்கையாழ்வார், பெரியாழ்வார் ஆகியோரையும் இங்கு தரிசிக்கலாம். சக்கரத்தாழ்வார், லட்சுமி நரசிம்மர், ஹரி ஹர சர்ப்ப ராஜா, பஞ்சமுக ஆஞ்சநேயர் ஆகியோ ரும் தனித்தனி சன்னிதியில் வீற்றிருக்கிறார்கள்.
இங்கு வெள்ளிக்கிழமை தோறும் ஹரி ஹர சர்ப்ப ராஜாவுக்கு ராகு கால பூஜை நடைபெறுகிறது. ராகு - கேது தோஷம், செவ்வாய் தோஷம், நாக தோஷம் உள்ளவர்கள் இந்த பூஜை செய்தால் தோஷம் நீங்கும் என்பது நம்பிக்கையாக உள்ளது. இசைத் துறையில் சிறந்து விளங்க விரும்புபவர்கள், இத்தல இறைவனை வழிபடுவது சிறப்பாகும். இக்கோவிலில் அறுபதாம் கல்யாணமும் சிறப்பாக நடத்தப்படுகிறது.
இங்கு கிருஷ்ண ஜெயந்தி, வைகுண்ட ஏகாதசி, மார்கழி பாவை நோன்பு போன்ற விழாக்கள் சிறப்பாக கொண்டாடப்படுகிறது.
மதுரை ரெயில் நிலையத்தில் இருந்து ஒரு கிலோமீட்டர் தொலைவில் இக்கோவில் அமைந்துள்ளது. பெரியார் பேருந்து நிலையத்திற்கு அருகிலேயே உள்ளது.