ஆலய கொடி மரம் மிகப்பெரிய தத்துவங்களை தன்னுள் கொண்டுள்ளது. கோபுரம் ஸ்தூலலிங்கம் ஆகும். கொடி மரம் சூட்சமலிங்கமாகும். நம் உடம்பில் உள்ள முதுகெலும்பு போன்றது கோவிலுக்கு கொடிமரம் என்று நம் ஆகமங்கள் சொல்கின்றன. நம் முதுகுத் தண்டுவடத்தில் 32 எலும்பு வளையங்கள் உள்ளன. அது போலவே 32 வளையங்களுடன் கோவில் கொடி மரம் அமைக்கப்படுகிறது.
நம் முதுகுத் தண்டில் மூலாதாரம், சுவாதிஷ்டானம், மணி பூரகம், அனாகதம், விசுக்தி, ஆக்ஞை எனப்படும் ஆறு ஆதாரங்களும், இடை, பிங்கலை, சுழிமுனை என்ற மூன்று நாடிகளும் அமைந்துள்ளன. பொதுவாக இடை,பிங்கலை வழியாக செல்லும் பிராண வாயுவை, சுழிமுனை எனும் நடு நாடியில் நிறுத்தி இறைவனை தியானிக்க, மனம் ஒரு நிலைப்படும். இந்த அடிப்படையில் தான் கொடி மரம் அமைக்கப்படுகிறது.
கொடி மரம் ராஜகோபுரத்தை விட அதிக உயரமாக இருக்காது. அதே சமயத்தில் கருவறை விமானத்துக்கு நிகரான உயரத்துடன் இருக்கும். அதுபோல கருவறையில் இருந்தும், ராஜகோபுரத்தில் இருந்தும் எவ்வளவு தூரத்தில், எவ்வளவு உயரத்தில் கொடி மரம் அமைக்க வேண்டும் என்பதற்கு விதிகள் உள்ளன. இது கோவிலுக்கு கோவில் மாறுபட்டாலும், கொடி மரத்தில் ஐந்தில் ஒரு பாகம் பூமிக்குள் இருக்கும்படி அமைப்பார்கள்.
அடிப்பகுதி அகலமாகவும், சதுரமாகவும் இருக்கும் இதற்கு சமபீடத்தில், சதுர பாகம், படைப்பு தொழிலுக்கு உரியவரான பிரம்மாவையும், அதற்கு மேல் உள்ள எண்கோணப் பகுதியான விஷ்ணு பாகம் காத்தல் தொழிலுக்கு உரியவரான விஷ்ணுவையும், அதற்கு மேல் உள்ள நீண்ட ருத்ர பாகம், சம்ஹாரத் தொழிலை செய்யும் சிவபெருமானையும் குறிக்கும். இதன்மூலம் கொடி மரம், மும்மூர்த்திகளையும், அவர்கள் மேற்கொள்ளும் மூன்று தொழில்களையும் உணர்த்துகின்ற ஒரு அடையாளமாக திகழ்கிறது.
