நாகர்கோவில் நாகராஜா ஆலயம் கி.மு. 790-ம் ஆண்டுகளில் செயல்பாட்டில் இருந்ததாக குறிப்புகள் உள்ளன. எனவே இந்த ஆலயம் சுமார் 2 ஆயிரம் ஆண்டுக்கு முற்பட்டது என்பது உறுதியாகிறது. பல்வேறு மதத்தினரின் கட்டுப்பாட்டுக்குள் சென்று மீண்ட இந்த ஆலயம் பாரம்பரிய புனிதத்தை மாறாமல் நிற்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
இந்த ஆலயத்தின் பூஜை முறைகள் மாறவில்லை. புற்றுமண் பிரசாதம் மாறவில்லை. நாகராஜா வீற்றிருந்த ஓலை குடிசை மாறவில்லை. இவையெல்லாம் நாகராஜா கோவிலின் பாரம்பரிய சிறப்பை இப்போதும் பிரதிபலித்துக் கொண்டிருக்கின்றன.
இந்த தலத்தில் நாகர் சுயம்புவாக தோன்றியவர் ஆவார். அந்த நாகரின் மொத்த உயரமே சுமார் ஒரு அடி உயரம் கூட இல்லை. மிகமிக சிறிய சுயம்பு உருவம் ஆகும். தினமும் அந்த சுயம்புவுக்கு நம்பூதிரி பாலாபிஷேகம் செய்து பூஜைகள் நடத்துகிறார்.
அதன்பிறகு அந்த சுயம்பு நாகர் மீது கவசம் போடப்பட்டு அலங்காரம் செய்து பூஜைகள் தொடர்கின்றன.
