ஆவுடையார்கோவிலில் 12 தீர்த்தங்கள் உள்ளன. இவை அனைத்து பக்தர்களுக்கும் சித்தியாய் அமைந்து, அவர்களின் பாவங்களை போக்கவல்லது என குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது. சிவதீர்த்தம், அக்கினி தீர்த்தம், தேவதீர்த்தம், முனிவர் தீர்த்தம், அசுர தீர்த்தம், வாயு தீர்த்தம், சிவ கங்கை தீர்த்தம், நாராயண தீர்த்தம், பிரம தீர்த்தம், அறு பத்து நான்கு கோடித்தீர்த்தம், வெள்ளாறு, திருத்தொட்டித்தீர்த்தம்.
இவற்றில் 9 தீர்த்தங்கள் மிக முக்கியமானவையாக கருதப்படுகிறது. சிவ தீர்த்தம் ஆத்மநாத கூபம் எனப்படும் கிணற்று நீரை ஆத்மநாதர் அபிஷேகத்திற்கு மட்டும் பயன்படுத்துகின்றனர். அக்னி தீர்த்தம் என்பது கோவிலுக்குள் பெரிய குளமாக அமையப் பெற்றுள்ளது. இந்த தீர்த்தத்தை பருகினாலும், நீராடினாலும் நினைத்த பலனை அடையலாம் என்பது பக்தர்களின் அசைக்க முடியாத நம்பிக்கை.